A pesar de las diferencias que existen entre las subcuencas del sistema, predominan seis principales problemas relativos al agua, que implican un conflicto real o potencial entre sus usuarios. Estos se relacionan con: la disputa entre los diferentes usuarios por el agua, principalmente entre el uso público, con las aguas empleadas para el de riego y piscifactorías; la venta de fuentes de abastecimiento (principalmente manantiales); la escasez de agua para buena parte de la población; las inundaciones y afectaciones de tierra vinculadas con el Sistema; la contaminación del agua, y la extracción de agua del subsuelo.

La demanda no cubierta de la población local, principalmente la rural y especialmente grave en la zona Mazahua, grupo de población cuyas demandas no cumplidas por las autoridades, llevaron a escalar el conflicto con la toma de la planta potabilizadora Los Berros en el año 2004 y en varias ocasiones hasta marzo de 2018. Para tener una idea de la situación, un ejemplo ilustrador es que alrededor de la Presa Villa Victoria en un censo en familias Mazahua realizado en el 2008, arrojó que 8 de cada 10 familias de esta región no contaban con agua intra-domiciliaria y el agua que se toma es de mala calidad, situación que no ha mejorado en nuestros días.

Aunado a esto y de acuerdo a un estudio denominado "Cutzamala diagnóstico integral" elaborado por el Banco Mundial y la CONAGUA en el año 2015, reconoce que existe un frágil equilibrio entre las entregas de agua potable que produce el Sistema Cutzamala y las necesidades de los diferentes usos dentro de las subcuencas. En sus conclusiones se incluye que la presión creciente sobre el medio biofísico originado por la pobreza y la marginación, y los diversos problemas ambientales en la región, que tienden a agudizarse y donde además se prevé que aumenten debido a los impactos negativos del cambio climático, ponen en riesgo la sustentabilidad de las subcuencas de captación. Detalla que los conflictos entre usos y usuarios del agua son crecientes, que hay "ineficiencia institucional" con "carencias de coordinación" y "ausencia de espacios de negociación y colaboración", que "los fenómenos de degradación del medio natural están en curso y la presión humana contribuye a acelerarlos", y que la delincuencia organizada contribuye a conflictos en la zona. Resalta también sobre la apremiante atención que requieren las necesidades de la población local, con un desarrollo sustentable y equitativo en las subcuencas. Esta preocupación común se expresa de diferentes maneras, con desigualdades en la información disponible para los actores involucrados con conocimientos y creencias a menudo contrastantes.

Este diagnóstico fue parte de una primera etapa de un Plan denominado "Una visión compartida por el sistema Cutzamala: Cuenca modelo de gestión del agua", cuyo objetivo principal fue elaborar un Plan Integral de gestión del agua, suelo y bosque en la Cuenca del Sistema Cutzamala que identifique y precise el costo, los posibles beneficios, la calendarización, y el análisis de riesgos de ejecución de las acciones a realizar y proponer una mecánica de implementación y participación de los diferentes actores y protagonistas, el cual fue promovido por la CONAGUA con la participación de los gobiernos de la Ciudad de México y el Estado de México.

Un Plan que fue presentado con bombo y platillo, y que inclusive fue reconocido como el proyecto "ESTRELLA" sobre 30 proyectos exhibidos a nivel mundial en la Semana Anual de Agua del Banco Mundial. Sin embargo dos años después, en los foros de validación de resultados del diagnóstico que fue presentado ante los interesados de las subcuencas, quedo más que claro para los participantes, que los planes, proyectos e inversiones se centraban en la rehabilitación de la infraestructura del sistema, quedando el manejo integral de las subcuencas en solo "buenas intenciones".

Con esta corta visión de los actores gubernamentales, que tiene como propósito asegurar el suministro de agua hacia las cuencas receptoras a cualquier costo, disminuyen las posibilidades del manejo integral de las subcuencas del Sistema Cutzamala, la cual ocuparía un lugar, como cuenca modelo.

Esta situación no ha de sorprender, históricamente las líneas de atención de las cuencas y subcuencas involucradas han presentado dos puntos de vista muy discordes entre sí: atender las necesidades de la población local de las subcuencas (prácticamente abandonada), y la de asegurar e incrementar la provisión de agua para exportación (visión que ha dominado la gestión hídrica), y que se ve reflejado con el proyecto de la 4a etapa para extraer agua del Río Temascaltepec. De esta historia se puede concluir que los funcionarios laboran bajo la tesis de que los problemas del agua no sólo son técnicos y administrativos sino también de orden político, porque el agua no sólo es un bien básico sino que además, tiene un alto valor social y político.

En un modelo de desarrollo industrial y centralizado principalmente en las Zonas Metropolitanas del Valle de México y Toluca, la disposición de agua a expensas del desarrollo de la región del Cutzamala ofreció y ofrece ventajas para la clase política.

En este sentido, cabe hacer mención la muy notoria indiferencia de algunos actores clave, que en varios casos podría considerarse discriminatoria e inclusive racista a la mayoría de las subcuencas del Sistema Cutzamala, por la evidente preferencia o simulación en la atención que se ha dado a una subcuenca en especial, dada por la enorme vitrina que representa "la joya de la corona", por su peso social y turístico, pero sobre todo, la fuerte presión económica y política que genera parte de su población (sin menospreciar los loables esfuerzos y resultados de algunas organizaciones no gubernamentales que trabajan en ella). Varias voces de las subcuencas vecinas se han manifestado de manera recurrente ante esta circunstancia, esperando una respuesta institucional con una visión de integral del agua y sus recursos asociados, sin perder de vista la gestión y manejo por subcuenca, dado que cada una de ellas posee características y problemáticas sociales, económicas y ambientales particulares, por lo que cualquier comparación de un modelo de gestión de esta subcuenca "consentida" aplicable al resto, resulta sumamente errónea. De esto ha surgido la frase: "Valle de Bravo es mágico, pero no el ombligo del Cutzamala".

Como otros casos en nuestro país, la gestión del recurso hídrico adquiere un alcance metropolitano, los matices y los ritmos de los cambios políticos tanto a nivel nacional como regional se manifiestan en la problemática que se entreteje entorno al agua, por lo que identificar los actores que están involucrados en los procesos de diagnóstico y gestión del recurso hídrico, es uno de los primeros elementos que debe considerar el diseño de modelos de gestión a escala de subcuenca, cuenca y nivel metropolitano; estableciendo y fortaleciendo los niveles de organización que permita definir estrategias de atención y negociación más eficaces.

Un posible factor catalítico puede encontrarse en los Consejo de Cuenca y sus Órganos Auxiliares contemplados en la actual Ley de Aguas Nacionales, para incorporar una verdadera participación ciudadana en la toma de decisiones sobre temas hídricos y de gestión de cuencas. Infortunadamente estos cuerpos colegiados han sido desperdiciados, olvidados y en varios casos manipulados, ya que en los últimos años han presentado un bajo o nulo nivel de intervención en la preparación de los planes hídricos regionales, estatales o de cuenca, ya que en muchos casos su participación se limita a convalidar el contenido de estos, sin poder intervenir en una verdadera agenda hidrológico-social.

La coyuntura política nacional presente vislumbraba una nueva era en estos espacios de diálogo y concertación, pero ante los cambios y la dinámica adoptada en la autoridad del agua dan a entender lo contrario, al parecer la 4T no ha llegado al sector ambiental. Sin embargo los diferentes actores representantes de los usos y sectores de las subcuencas del Sistema Cutzamala, aún mantienen esperanza de que su voz sea escuchada, aunque los cambistas de la hidro-burocracia se empecinen en lo contrario, sin embargo es una buena oportunidad para hacer una reinvención o reingeniería en estos cuerpos colegiados.