El principio fundamental de este modelo es la consideración del funcionamiento natural de los ecosistemas como la forma sustentable de asegurar la provisión de agua y servicios ambientales para el desarrollo.

Asumir este principio implica un cambio de paradigma en el manejo del agua; es decir, pasar de un modelo en donde el ambiente es considerado un usuario más del recurso, a otro en donde los ecosistemas son considerados la fuente de servicios que garantizan el desarrollo social y económico. El objetivo final de la Alianza es instrumentar modelos de gestión racional e integral del agua, y sólo se alcanzará en la medida que se garantice el funcionamiento de los ecosistemas y la conservación del régimen hidrológico en sus diversos componentes. En términos de manejo del agua se traduce en establecer límites de extracción que respeten la renovación anual del recurso, para lo cual se ha adoptado el concepto de caudal ecológico como herramienta de gestión (WWF-MEX, 2006).