Existen dos tipos de limitaciones que determinan el grado de éxito en las prácticas de manejo de cuencas hidrológicas.

Una son las limitaciones naturales, las cuales implican un amplio rango de relaciones biológicas y físicas, y las limitaciones institucionales, las cuales son tan importantes como las anteriores en la planeación e implementación de prácticas para un manejo sustentable de las cuencas hidrológicas. Las limitaciones institucionales, a diferencia de las limitaciones naturales, son establecidas por la gente para alcanzar condiciones específicas y además, pueden ser modificadas por la misma gente en respuesta a cambios en las situaciones sociales, económicas y políticas. El apoyo financiero es una parte medular para el arranque de cualquier proyecto, para la organización de los productores y la asistencia técnica y difusión de tecnologías apropiadas, es necesario financiar proyectos y encontrar los mecanismos de apoyo económico. También es de suma importancia que los habitantes de la microcuenca, las organizaciones o cooperativas de productores desarrollen esquemas de colaboración y autofinanciamiento una vez establecido un determinado proyecto.