En estas cuencas de la Sierra Costera de Oaxaca se encuentran bosques de pino-encino en las partes altas, bosques húmedos en la parte media, selvas secas, vegetación costera y manglares en las áreas bajas, y en la parte marina arrecifes de coral.

En las selvas secas habitan plantas endémicas y la región es el hogar de una gran variedad de aves y especies en riesgo como la nutria de río, el jaguar, el ocelote y el tigrillo. El caracol púrpura y las tortugas marinas están amenazados. Las cuencas están sujetas a un proceso de deterioro que implica la degradación de los bosques y selvas secas, la alteración del régimen hidrológico, la contaminación del agua y la pérdida de biodiversidad. Las malas prácticas forestales, agropecuarias y las actividades turísticas desordenadas son las principales amenazas.