Las Comisiones de Cuenca (CmC) se constituyen a nivel de subcuenca o grupos de subcuencas, es decir, unidades hidrológicas de menor orden y tamaño que el del territorio del consejo de cuenca, las cuales forman parte de su parea tributaria. Éstas se forman para la atención de problemas que por su gravedad o complejidad requieren de acciones específicas o bien cuando exista un interés especial en realizar acciones para la preservación del recurso hídrico.
| # | Comisión de Cuenca (CmC) |
|---|---|
| 1 | Río Colorado |
| 2 | Río Concepción |
| 3 | Río Sonora |
| 4 | San Pedro |
| 5 | Río Mátape |
| 6 | Río Cupatitzio |
| 7 | Río Apatlaco |
| 8 | Ríos Atoyac Zahuapan |
| 9 | Constitución de Apatzingán |
| 10 | De los ríos Atoyac y Salado |
| 11 | Cuenca Propia del Lago de Chapala |
| 12 | Río Conchos |
| 13 | Alto Nazas |
| 14 | Lago de Pátzcuaro |
| 15 | Lago de Cuitzeo |
| 16 | Laguna de Zapotlán |
| 17 | Río Turbio |
| 18 | Río Querétaro |
| 19 | Río Duero |
| 20 | Río Mololoa |
| 21 | Altos de Jalisco |
| 22 | Laguna de Cajititlán-Río Los Sabinos |
| 23 | Ayuquila – Armería |
| 24 | Río Ameca |
| 25 | San Juan (Pánuco) |
| 26 | Guayalejo – Tamesí |
| 27 | Cuenca Baja de los Ríos Grijalva y Carrizal |
| 28 | Cañón del Sumidero |
| 29 | Río Hondo |
| 30 | Del río Candelaria |
| 31 | Valle de Bravo-Amanalco |
| 32 | Laguna de Tecocomulco |
| 33 | Presa de Guadalupe |
| 34 | Rescate río y Barrancas |
| 35 | Ríos Amecameca y de la Compañía |
| 36 | Río Blanco |
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