La laguna de Bacalar es el cuerpo de agua dulce más extenso de la península de Yucatán, en su interior se encuentran el arrecife de microbialitos de agua dulce más grande del mundo, y especies emblemáticas como el caracol "chivita" (Pomacea sp). Contiene 3 cenotes dentro de ella. Su agua exhibe diversos colores de azul turquesa, propios del Caribe Mexicano. Tiene 60 kilómetros de largo y 4 poblaciones ribereñas, el centro urbano está al centro oeste de la laguna, su población aproximada es de más de 12,000 habitantes residentes y recibe aproximadamente 130,000 turistas anualmente.
Esta laguna forma parte de un sistema de 7 cuerpos de agua conectados entre sí que son parte del corredor transversal costero desde la selva, las lagunas, hasta el arrecife coralino en el mar. Este corredor natural, guarda una fuerte conectividad también con el subterráneo, pues es un sistema kárstico el que resguarda la zona de influencia, un geología fascinante con cavernas y ríos subterráneos con estalactitas y estalagmitas, donde los espeleo buzos han encontrado los primeros fósiles rastro de vida de la cultura Maya y organismos paleontológicos.
En los últimos años se ha encontrado fuertemente amenazada. El proceso de eutrofización va aumentando, tanto por fenómenos meteorológicos, como antropogénicos no adecuados para sostener el funcionamiento natural de los ecosistemas; esto ha provocado en fechas recientes, un fenómeno en suma notorio: el cambio de coloración azul, por tonalidades cafés y verdosas, surgidas con los eventos meteorológicos ocurridos durante la Tormenta Tropical Cristóbal el año 2020.
Como principal atractivo turístico y económico del sur de Quintana Roo, la Laguna Bacalar está sujeta a una severa presión antropogénica, entre las que destacan: incremento desmesurado en actividades turísticas, crecimiento poblacional desordenado, agricultura extensiva menonita, incendios forestales provocados, deforestación de grandes extensiones de selva, invasión paulatina de manglar y de la vegetación ribereña por asentamientos humanos, son actividades que han impactado fuertemente en la salud del ecosistema y en la capacidad del sistema para filtrar el agua y autorregularse.
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