Conocido como "Laguna de Zapotlán", es parte del eje neovolcánico, a los cuáles pertenecen los 26 lagos más importantes de México. Localizado en la región centro occidente del país, al sur del estado de Jalisco. Es un lago epicontinental, se encuentra en una cuenca cerrada a 1,498 metros sobre el nivel del mar. Su máxima capacidad es de 27'000 000 m3 con un área de cobertura promedio de espejo de agua de 1,508 hectáreas (CEA, Diciembre 2020) y una profundidad promedio de 4.5 metros.
El Lago es un importante corredor de aves migratorias del Norte, Centro y Sur de América, donde residen aves y otras llegan de Noviembre a Marzo. Se han registrado 127 especies, 57 acuáticas y 70 terrestres. Muy poco estudio se ha llevado a cabo con el resto de las especies; sin embargo, se han registrado 40 especies de mamíferos, 13 especies de reptiles, 6 de anfibios y 7 de peces. Entre los peces endémicos existen algunos en peligro de extinción.
Existen 442 especies de vegetación registradas; sin embargo, debido al alto cambio de uso de suelo, calentamiento global y cambio climático; en este momento muchas de estas especies están en riesgo. La especie dominante acuática y endémica es el tule (Typha domingensis and Scirpus), usada por familias locales para realizar artesanías.
El Lago está altamente amenazado y en peligro por ser una cuenca cerrada, ha tenido cambios fuertes en el uso de suelo y en sus zonas de amortiguamiento; esto debido al cultivo de cosechas de frutos alrededor de la Laguna y al establecimiento de una población flotante y fija de alrededor de 140,000 personas, compuesta por una población indígena, rural y comunidades urbanas.
El Lago y su sub-cuenca presentan una alta contaminación de aguas negras, desechos industriales de agroquímicos, ganado, silvicultura y desechos naturales, así como volcánicos. Se lleva a cabo control manual, mecánico y biológico por la invasión de lirio y tule. También se aplica tratamiento secundario al agua urbana.
Existe aun mucha falta de conocimiento local sobre la importancia del ecosistema del Lago, por esto fue necesario complementar y fortalecer programas existentes de educación ambiental formal e informal a través de alianzas locales y gobernanza con las instituciones regionales que realizan actividades relacionadas con la Laguna, gracias a este esfuerzo en 2018 se integra una Agenda Ambiental Municipal con actividades dirigidas a diferentes grupos poblacionales. Esto para restaurar y manejar para conservación, especies de flora y fauna así como sus hábitats.
Ha tenido mucho éxito la actividad de observación de aves en jóvenes y niños y mas ahora que se cuenta en el servicio de guías para ésta actividad, ellos pertenecen al grupo de "Planeta Diversidad", que son personas de diferentes edades con algún tipo de discapacidad, formándose como guías de naturaleza.
El Lago tiene una entidad legalmente constituida que es la Comisión de Cuenca del Lago Zapotlán. También existe un Comité Estatal de Protección Ambiental de los Humedales de Jalisco que va de la mano con la declaración del Lago Zapotlán como Sitio Ramsar desde 2005. Es relevante por su biodiversidad. La Convención de Ramsar ha otorgado dos distinciones al lago por: manejo sostenible de los lagos en 2010 y por turismo en humedales en 2012; el lago alberga juegos de deportes acuáticos nacionales e internacionales. Fue la sub-sección de los Juegos Panamericanos, Guadalajara 2011. Desde marzo del 2018 el Lago es miembro del programa ambiental reconocido por la ONU "Living Lakes Network" de la Fundación alemana Global Nature Fund, donde se participa activamente en proyectos internacionales.
En este Lago se desarrollan diversas actividades productivas, recreativas, turísticas, educativas y de preservación. Se cuenta con la participación de diferentes usuarios: instituciones educativas, investigadores, emprendedores, cooperativas de pescadores, sociedad organizada, así como: asociaciones agrícolas, ganaderas, forestales, turísticas y artesanales. También participan gobiernos de diferentes niveles.
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