Desde el año 2003 se opera por parte de las Delegaciones de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT) en la Cuenca Lerma Chapala el Proyecto de Desarrollo y Ordenamiento Ambiental por Cuencas y Ecosistemas, Lerma-Chapala con el objetivo general de generar experiencias y difundir metodologías y tecnologías de manejo integral de microcuencas en cada uno de los estados de la Cuenca Lerma-Chapala.

Este proyecto abarca los estados de Guanajuato, Estado de México, Michoacán, Jalisco y Querétaro y es coordinado por la Dirección General de Sector Primario y Recursos Naturales Renovables de la SEMARNAT y operado por cada una de las Delegaciones. El proyecto se inserta a partir del año 2011 al Programa de Mitigación y Adaptación al Cambio Climático y consiste en la generación de un diagnóstico y caracterización, la realización de un plan de manejo de la microcuenca, el diseño y evaluación a través de un sistema de monitoreo, la implementación de acciones de capacitación rural y de inversión en proyectos ambientales así como la búsqueda de un trabajo interdisciplinario e interinstitucional con enfoque de cuenca considerando acciones vinculadas y participativas en la parte alta, media y baja de las microcuencas de atención así como el fomento de la concurrencia intersectorial. A nivel cuenca Lerma Chapala se tienen en operación 24 microcuencas con plan de manejo, para Michoacán son seis las microcuencas siendo tres las que se encuentran en la cuenca del lago de Cuitzeo: la microcuenca El Calabozo (Morelia, Acuitzio, Huiramba y Lagunillas), la microcuenca Rosa de Castilla (Copándaro) y la microcuenca Estación Huingo (Zinapécuaro).